W sytuacji kiedy pewna organizacja prowadzi działalność, która kompletnie mieści się w folderze usług zwolnionych z podatku VAT nie ma ona kompletnie żadnego obowiązku rejestracji siebie jako podatnika VAT. Z drugiej strony istnieje również możliwość zrezygnowania z takiego zwolnienia. Taka opcja jest bardzo kluczowa w wypadku kiedy ubiegamy się o rekompensatę podatku VAT, który został zapłacony z środków określonych jako pomocowe.

Informacje na temat zwalniania z tego podatku można odszukać w Ustawie o podatku od towarów i usług (z 11.03.2004 r.). Analizując tą sytuację z punktu widzenia stowarzyszeń i fundacji ważny jest zapis, iż zwalniane z VAT są: (oznaczone symbolem PKWiU-91) "usługi świadczone przez organizacje członkowskie, gdzie indziej niesklasyfikowane (wyłącznie statutowe)". Zwolnienie jest to całkowicie niezależne od progu obrotów i przychodów tak więc tutaj mamy w pełni wolną rękę.

Nigdy nie możemy zapominać o podstawowej informacji, że instytucje pozarządowe nie są automatycznie zwalniane z podatku VAT. Księgowość w wypadku zwalniania i jej braku wygląda zupełnie inaczej więc jest to bardzo kluczowy szczegół.

W wypadku kiedy organizacja prowadzi działalność, która nie zawiera się w folderze usług zwolnionych z VAT (np. jest to działalność związana z wydawnictwami lub z koncertami), to może korzystać ze zwalniania tylko w sytuacji, jeśli kompletna kwota przychodów związanych z prowadzoną przez siebie działalnością nie wyszła w roku 2007 równowartości 10 000 euro lub bieżącym - 2008 równowartości 50 000 zł (art .113 ust.1). W takiej sytuacji powinna nam pomóc księgowa, która może przygotować firmę, aby spełniła wyżej określone warunki.